Cuffquant #

RNA-Seq samples을 이용한 발현량의 계산은 많은 리소스를 필요로 한다. 이에 대해, Cuffquant는 각 샘플별 gene과 transcript의 발현량을 프로파일링하고, CXB라는 특정 포맷으로 저장시킨다. 이 CXB 파일은 Cuffdiff, Cuffnorm을 이용한 further study에 사용되는데, 이러한 분석의 흐름은 Cufflinks version < 2.2.0 에서 Cuffmerge 후 Cuffdiff로 연결되는 pipeline이 version >= 2.2.0 부터 Cuffquant가 추가되어 변경됐다. 이로 인해, 비교 단위별 반복적으로 수행해야했던 계산에 요구되는 리소스의 감소를 가져왔다.

Usage #

$ cuffquant [options]* <annotation.(gtf/gff)> \
<aligned_reads.(sam/bam)>

Tips #

*전사체 발현량의 bias를 제거하고 계산의 정확도를 향상시킬 수 있다.

$ -b/–frag-bias-correct <genome.fa>