Cuffnorm #
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2016-05-01 11:36:05 (rev. 2)
WoojinPark
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Category: Software

Cuffnorm #

Cuffnorm은 Cuffquant와 마찬가지로 Cufflinks version >= 2.2.0 부터 새롭게 추가됐다. 기존 Cufflinks에서 normalization을 나름의 큰 덩치인 Cuffdiff에서 함께 수행했었는데, 그 부분이 Cuffnorm으로 떨어져나와 추가됨으로써 약점이 일정 부분 해소됐다.

Usage #

$ cuffnorm [options] <transcripts.gtf> \
<sample1_replicate1.sam[,…,sample1_replicateM.sam]>\
<sample2_replicate1.sam[,…,sample2_replicateM.sam]>…\
[sampleN.sam_replicate1.sam[,…,sample2_replicateM.sam]]

Tips #

*다양한 library normalization methods를 제공하지 않아 아쉬운 부분이 있다.