개요 #

Cufflinks는 TopHat을 통해 나온 RNA-seq 결과 데이터를 이용하여 새로운 transcripts를 알아내는 프로그램이다.

전체적인 workflow는 아래의 그림과 같다.

[출처 : Trapnell, C., et al Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isofrom switching during cell differetiation Nature Biotechnology (2010)]

Data #

• Input data : TopHat의 결과파일인 SAM 또는 BAM 파일
• Output data : transcripts.gtf, isoforms.fpkm_tracking, gene.fpkm_tracking 총 3개의 결과 파일 생성

Reference #

• http://hongiiv.tistory.com/805
• http://blog.naver.com/PostView.nhn?blogId=neoyoung78&logNo=80212906049

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