Cuffdiff는 Cufflinks의 악세사리 툴 중 하나로 TopHat과 같은 mapper를 이용하여 RNA-seq reads를 reference 서열에 맵핑 후 얻어지는 BAM (SAM) 파일을 이용하여 gene, isoform 수준에서 샘플별 발현 정도를 비교 분석한다.

Usage #

$ cuffdiff [options]* <transcripts.gtf> \
<sample1_replicate1.sam[,…,sample1_replicateM.sam]> \
<sample2_replicate1.sam[,…,sample2_replicateM.sam]> … \
[sampleN.sam_replicate1.sam[,…,sample2_replicateM.sam]]

Tips #

1. Cuffdiff 실행 결과 gene, isoform 각각에 대해서 fragment count를 계산하여 *.count.tracking 파일을 생성하는데 이때 –library-norm-method 파라미터를 이용하여 fragment count의 normalization 방법을 아래와 같이 결정할 수 있다.
   1. geometric : DESeq과 동일
   2. quartile
   3. class-rpkm : normalization을 수행하지 않음