Cuffdiff
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Cuffdiff는 Cufflinks의 악세사리 툴 중 하나로 TopHat과 같은 mapper를 이용하여 RNA-seq reads를 reference 서열에 맵핑 후 얻어지는 BAM (SAM) 파일을 이용하여 gene, isoform 수준에서 샘플별 발현 정도를 비교 분석한다.
Usage #
$ cuffdiff [options]* <transcripts.gtf> \
<sample1_replicate1.sam[,…,sample1_replicateM.sam]> \
<sample2_replicate1.sam[,…,sample2_replicateM.sam]> … \
[sampleN.sam_replicate1.sam[,…,sample2_replicateM.sam]]