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Clustal Omega #
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Software

Introduction #

1988년 첫 Clustal이 소개되고 나서 1994년 ClustalW, 1997년 ClustalX, 2007년 ClustalW2에 이르기까지 Clustal 시리즈는 Multiple Sequence Alignment(MSA) Bioinformatic tools로써 많은 사랑을 받아왔다. 이번 ISMB2015에서는 Clustal Omega의 새 버전을 소개했다.

Method #

대표적인 algorithm과 tool은 아래와 같다.

  1. Progressive: ClustalW

  2. Iterative: MUSCLE

  3. Hidden Markov models: HMMER

Clustal Omega의 경우, HMM을 사용한 Iterative progressive alignment 방식을 사용한다.

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Change log #

Clustal Omega는 최초 guide-trees를 생성하기 위해 mBed (Blackshields, 2010) calculates distance matrix를 채택했다. 이로써, 기존에 large (N > 10,000) alignments distance matrix가 갖는 bottleneck을 해결했다. Fabian Sievers(University College Dublin)의 말에 따르면, Clustal 시리즈의 고질적 문제였던 ‘any size'의 alignment가 가능해졌고, 퍼포먼스 또한 크게 좋아졌다.

Reference #

http://clustal.org/omega/

Incoming Links #

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0.0.1_20140628_0