CLC Main Workbench 개요 #

일반 생물학을 하는 연구실에서 성공적인 실험을 하기 위해서는 in-silico 적인 측면이 중요해지고 있으며, 연구자들 또한 필요성을 느끼고 있는 실정이다.
Database 검색, 서열 다운로드, BLAST, Primer design, cloning 등 다양한 분석 방법들이 필요하며, 이 분석들을 가능하게 하는 오픈소스들도 제공하고 있다. 허나 하나의 연구를 위해서는 연속적인 분석이 실행이 되어야 하고, 여러 오픈소스들을 이용하기 위해서는 오픈소스에서 제공하는 데이터들이 호환되어야 하므로, 어려움이 다소 있을 수 있다.
QIAGEN사의 CLC Main Workbench는 DNA, RNA, Protein 서열을 기반으로 다양한 분석들을 하나의 인터페이스로 연속 분석을 수행할 수 있는 소프트웨어이며, GUI를 제공하고 있어 일반 연구실의 연구자들이 손쉽게 다룰 수 있다.
Windows, Mac OS, Linux 3가지 운영체제에 모두 설치 가능하며, 동일한 인터페이스를 가지고 있어 다른 운영체제를 사용하는 연구자들도 쉽게 분석을 수행할 수 있다.

Features #

Interface #

Import data format #

CLC Main Workbench에서는 다양한 import 포맷을 지원하고 있다.

Database search #

NCBI에서 제공하는 서열 데이터를 프로그램 내에서 바로 다운로드할 수 있어 분석하는데 시간을 단축할 수 있다. NCBI의 서열 데이터 뿐만 아니라 UniProt 데이터베이스의 데이터 또한 다운로드 가능하다.

BLAST #

알고자하는 query 서열을 넣어준 후 BLAST database를 선택한 후 결과를 확인할 수 있다. 결과는 테이블, 텍스트 형태로 확인가능하며, BLAST 결과 query 서열과 가장 유사한 서열을 바로 다운로드할 수 있다.

Sequence Alignment & Tree #

분석하고자 하는 서열의 유연관계를 분석하기 위해서는 우선 서열 Alignment를 수행해야한다. Alignment 데이터를 가지고 tree를 그릴 수 있다.

Sequence Assembly #

CLC Main Workbench에서는 일반 sanger sequencing 데이터의 Assembly가 가능하다. Assembly결과 reference 서열과 다른 경우에는 자동으로 conflict라는 annotation 정보가 추가되며, translation을 거친 후 아미노산 서열까지도 변화가 있는지 확인할 수 있다.

Primer design #

CLC Main Workbench를 이용하여 primer를 design하기 위해서는 두 가지 접근 방법이 있다.
① 증폭하고자 하는 영역이 있을 경우
② Primer의 영역이 있을 경우
영역 지정이 완료되면 side panel을 통해 primer design을 위한 parameter 옵션을 지정해주면 그에 맞게 primer 리스트를 최대 100개까지 제공한다.

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