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CLC Genomics Workbench 8 #
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Structured data

Category
Software

New features and improvement #

Create Track from Experiment #

  • Experiment를 트랙으로 전환할 수 있는 프로그램이다.
  • Experiment에서 통계 분석한 결과를 Annotation 컬럼과 같이 추가 가능하다.
  • Track으로 통계 분석 결과를 가시화 할 수 있는 장점이 있다.

Link Variants to 3D Protein Structure #

  • 3D 단백질 구조 상에서 아미노산의 변화를 가시화할 수 있는 기능 추가이 있다.
  • 변이 테이블에 대한 툴을 실행한 후에, 3D 구조로 가시화할 수 있다.
  • 3D 모델은 자동적으로 PDB 구조를 이용하여 제작된다.
  • Toolbox내 Resequencing Analysis -> Functional Consequences 내에 존재한다.

Map Reads to Reference #

  • Linear gap cost parameters와 affine gap cost parameters를 모두 지원한다.
  • Affine gap cost지원은 삽입 또는 결실이 일어난 리드들에 대한 정확한 정보를 가져올 수 있다.

RNA-Seq Analysis #

  • 위에 명시한 새로운 ‘read mapper’를 이용하도록 업그레이드 되었다.
  • 적어도 6GB RAM에서 RNA-Seq Analysis를 실행해야 한다.
  • 아직 affine gap cost parameters를 선택할 수는 없다.

Marge Read mapping #

  • 성능 향상, De novo assembly 결과에 매핑된 리드들을 합칠 때처럼 Reference sequence들이 매우 많을 때 특히 유용하다.

Amino Acid Changes #

  • 아미노산 변화를 가시화할 수 있는 결과로서 트랙 형태로 확장 가능하다.
  • 아미노산 색깔은 ‘Track layout’과 ‘Amino acids track’ 의 Side Panel에서 변경할 수 있다.

Tracks #

  • 향상된 리소스 관리 : 더 많은 Reference sequence를 포함하는 트랙으로 더 효율적인 작업을 할 수 있다. Reference genome이 없는 경우에 De novo assembly 결과에 기반하는 방법으로 진행된다.
  • Variant 트랙과 테이블 컬럼이 추가된 Annotation 트랙이 많을 경우 일관적인 결과를 제공한다.(작업 결과 트랙은 같은 수의 추가된 테이블 컬럼을 갖고 있으며, 컬럼은 항상 순서대로 배열된다.)
  • 다양한 샘플을 같은 툴과 워크플로우에서 진행했을 때, 변이 수와 추가된 컬럼의 상대명령을 가져오게 된다. 모든 컬럼은 그대로이며, 테이블을 export하는 하위 기능이 강화되었고 특정 샘플에 대한 결과를 만드는 것이 아니더라도 enrichment/annotation 툴을 실행하기 위한 Reference를 그래픽으로 제공한다.
  • Variant 트랙과 Annotation 트랙의 테이블은 현재 다중수를 포함하는 cells의 컬럼을 분류하고 필터할 수 있다.
  • Variant 트랙을 보기 위한 향상된 트랙뷰는 제시된 변이의 sequence 변화를 보여준다.
  • Variant 트랙과 Annotation 트랙을 만드는 향상된 성능을 보여준다.

Workflows #

  • 워크플로우 매니저에서 워크플로우를 설치할 때, 새롭게 설치된 워크플로우가 자동적으로 선택된다.
  • 워크플로우 에디터의 ‘Run’ 버튼은 저장된 워크플로우에서 지원되지 않는다.
  • 워크플로우 마법사 실행에서 ‘Reset to default’ 버튼이 활성화 된다.
  • 워크플로우 에디터의 모든 아이콘은 좌측에 위치한다.
  • Snippets : 워크플로우 일부는 다른 워크플로우에서 재사용된 부분 또는 snippet으로 저장될 수 있다.
  • 설치된 워크플로우 : 설치된 워크플로우를 복사하여 생성할 수 있으며, 툴박스에서 설치된 워크플로우를 우클릭함으로써 ‘view area’에서 복사본을 열어볼 수 있다. ‘Open Copy of Workflow’ 옵션으로 가능하다.
  • MA plots, scatter plots과 histogram은 expression 트랙을 input으로 받을 수 있다.
  • 추가적으로 선택하는 output은 ‘Create coverage graph’이며 타겟 각각의 위치에 coverage를 보여주고, ‘Create Statistics for Target Regions’툴에 추가된다.
  • CSV, tab delimited text, Excel로 테이블을 export할 때, 소수점 아래 숫자가 표시된다.
  • 낮은 디스크 용량으로 관련된 에러를 리포트할 수 있는 기능이 향상되었다.

3D molecule viewer의 새로운 기능 #

  • Align to Existing Sequence는 3D 단백질 체인을 sequence에 연결 가능하다.
  • Transfer Annotations은 sequence에 연결된 sequence annotation 분자 그룹을 생성할 수 있다.
  • Property viewer의 향상된 레이아웃이다.
  • 물 분자, DNA/RNA, 당류의 PDB import 기능이 향상되었다.
  • PDB 파일을 import하면, Molecule Project 결과는 citation 정보(PDB ID와 primary reference)를 포함하고 이러한 정보는 ‘Show History’에서 확인 가능하다.

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