Structured data
Category
Software
New features and improvement #
Create Track from Experiment #
Experiment를 트랙으로 전환할 수 있는 프로그램이다.
Experiment에서 통계 분석한 결과를 Annotation 컬럼과 같이 추가 가능하다.
Track으로 통계 분석 결과를 가시화 할 수 있는 장점이 있다.
Link Variants to 3D Protein Structure #
3D 단백질 구조 상에서 아미노산의 변화를 가시화할 수 있는 기능 추가이 있다.
변이 테이블에 대한 툴을 실행한 후에, 3D 구조로 가시화할 수 있다.
3D 모델은 자동적으로 PDB 구조를 이용하여 제작된다.
Toolbox내 Resequencing Analysis -> Functional Consequences 내에 존재한다.
Map Reads to Reference #
Linear gap cost parameters와 affine gap cost parameters를 모두 지원한다.
Affine gap cost지원은 삽입 또는 결실이 일어난 리드들에 대한 정확한 정보를 가져올 수 있다.
RNA-Seq Analysis #
위에 명시한 새로운 ‘read mapper’를 이용하도록 업그레이드 되었다.
적어도 6GB RAM에서 RNA-Seq Analysis를 실행해야 한다.
아직 affine gap cost parameters를 선택할 수는 없다.
Marge Read mapping #
성능 향상, De novo assembly 결과에 매핑된 리드들을 합칠 때처럼 Reference sequence들이 매우 많을 때 특히 유용하다.
Amino Acid Changes #
아미노산 변화를 가시화할 수 있는 결과로서 트랙 형태로 확장 가능하다.
아미노산 색깔은 ‘Track layout’과 ‘Amino acids track’ 의 Side Panel에서 변경할 수 있다.
Tracks #
향상된 리소스 관리 : 더 많은 Reference sequence를 포함하는 트랙으로 더 효율적인 작업을 할 수 있다. Reference genome이 없는 경우에 De novo assembly 결과에 기반하는 방법으로 진행된다.
Variant 트랙과 테이블 컬럼이 추가된 Annotation 트랙이 많을 경우 일관적인 결과를 제공한다.(작업 결과 트랙은 같은 수의 추가된 테이블 컬럼을 갖고 있으며, 컬럼은 항상 순서대로 배열된다.)
다양한 샘플을 같은 툴과 워크플로우에서 진행했을 때, 변이 수와 추가된 컬럼의 상대명령을 가져오게 된다. 모든 컬럼은 그대로이며, 테이블을 export하는 하위 기능이 강화되었고 특정 샘플에 대한 결과를 만드는 것이 아니더라도 enrichment/annotation 툴을 실행하기 위한 Reference를 그래픽으로 제공한다.
Variant 트랙과 Annotation 트랙의 테이블은 현재 다중수를 포함하는 cells의 컬럼을 분류하고 필터할 수 있다.
Variant 트랙을 보기 위한 향상된 트랙뷰는 제시된 변이의 sequence 변화를 보여준다.
Variant 트랙과 Annotation 트랙을 만드는 향상된 성능을 보여준다.
Workflows #
워크플로우 매니저에서 워크플로우를 설치할 때, 새롭게 설치된 워크플로우가 자동적으로 선택된다.
워크플로우 에디터의 ‘Run’ 버튼은 저장된 워크플로우에서 지원되지 않는다.
워크플로우 마법사 실행에서 ‘Reset to default’ 버튼이 활성화 된다.
워크플로우 에디터의 모든 아이콘은 좌측에 위치한다.
Snippets : 워크플로우 일부는 다른 워크플로우에서 재사용된 부분 또는 snippet으로 저장될 수 있다.
설치된 워크플로우 : 설치된 워크플로우를 복사하여 생성할 수 있으며, 툴박스에서 설치된 워크플로우를 우클릭함으로써 ‘view area’에서 복사본을 열어볼 수 있다. ‘Open Copy of Workflow’ 옵션으로 가능하다.
MA plots, scatter plots과 histogram은 expression 트랙을 input으로 받을 수 있다.
추가적으로 선택하는 output은 ‘Create coverage graph’이며 타겟 각각의 위치에 coverage를 보여주고, ‘Create Statistics for Target Regions’툴에 추가된다.
CSV, tab delimited text, Excel로 테이블을 export할 때, 소수점 아래 숫자가 표시된다.
낮은 디스크 용량으로 관련된 에러를 리포트할 수 있는 기능이 향상되었다.
3D molecule viewer의 새로운 기능 #
Align to Existing Sequence는 3D 단백질 체인을 sequence에 연결 가능하다.
Transfer Annotations은 sequence에 연결된 sequence annotation 분자 그룹을 생성할 수 있다.
Property viewer의 향상된 레이아웃이다.
물 분자, DNA/RNA, 당류의 PDB import 기능이 향상되었다.
PDB 파일을 import하면, Molecule Project 결과는 citation 정보(PDB ID와 primary reference)를 포함하고 이러한 정보는 ‘Show History’에서 확인 가능하다.
Suggested Pages #
0.0.1_20230725_7_v68
content-type
text/x-markdown
schema
Bioinformatics