Breast Cancer Subtypes
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Analysis of two Breast Cancer Subtypes #
- Breast Cancer의 2개 subtype을 나타내는 cell lines의 Gene Expression Profiles 분석
- 2개의 subtype은 질병 징후가 다르고 분자적인 메카니즘도 다름
- EMT (Epithelial to Mesenchymal Transition) : Epithelial 에서 Mesenchymal로 변화
- EMT effect가 클수록 cytoskeleton reorganization과 front-back polarity, migration이 증가하고 basement membrane degradation invasion이 증가하고 EMT effect가 클수록 metastasis가 잘 일어남
Purpose #
- 2개의 subtype중, Claudin-low breast cancer의 key variant 유전자를 탐색
Method #
- 2개의 subtype인 Claudin-low 과 Luminal cell line을 비교
Illumina-RNAseq 75M reads, paired ends, Cufflinks output
Average intensity (FPKM) for isoforms across 5 cell lines in each group
Max isoform-level change per gene (fold change cutoff 2, p-value<0.05)
Material #
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claudin-low subtype의 cell lines : BT-549, HS578T, MDA-MB-231, SUM1315-PT, SUM159PT
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Luminal subtype의 cell lines : HCC1428, MCF-7, MDA-MB-361, T47D, ZR-75-1
