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Breast Cancer Subtypes #

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Structured data


Analysis of two Breast Cancer Subtypes #

  • Breast Cancer의 2개 subtype을 나타내는 cell lines의 Gene Expression Profiles 분석
  • 2개의 subtype은 질병 징후가 다르고 분자적인 메카니즘도 다름
  • EMT (Epithelial to Mesenchymal Transition) : Epithelial 에서 Mesenchymal로 변화
  • EMT effect가 클수록 cytoskeleton reorganization과 front-back polarity, migration이 증가하고 basement membrane degradation invasion이 증가하고 EMT effect가 클수록 metastasis가 잘 일어남

Purpose #

  • 2개의 subtype중, Claudin-low breast cancer의 key variant 유전자를 탐색

Method #

  • 2개의 subtype인 Claudin-low 과 Luminal cell line을 비교

Illumina-RNAseq 75M reads, paired ends, Cufflinks output

Average intensity (FPKM) for isoforms across 5 cell lines in each group

Max isoform-level change per gene (fold change cutoff 2, p-value<0.05)

Material #