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Bowtie2 #
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Introduction #

bowtie2 는 기존 Bowtie 보다 빠르고 메모리 효율도 좋도록 업그레이드된 reference mapping용 소프트웨어이다. Bowtie 이전 버전과의 차이점은 앞서 언급한 것 외에도 많은 부분에서 차이가 있다. colorspace reads를 지원하지 않는다는 점, long read를 이용한 mapping에서 메모리효율과 퍼포먼스적인 측면에서 기존 버전보다 엄청난 향상을 보인다는 점등 매우많은 부분을 개선했다. 여기서 눈여겨 볼점은 local alignment를 지원한다는 점이다.

bowtie2의 local alignment란? #

기존의 Bowtie는 end-to-end방식의 aligner였다. end-to-end방식으로 인해 입력된 read의 모든 base를 통해 mapping score를 계산했다면, bowtie2에서는 local alignment를 통해 양 끝단을 한 두 베이스 'trimmed'('soft clipped') 하는 방식으로 좀 더 유연한 mapping을 수행하고 이를 이용한 further study에 힘을 줄 수 있게 됐다.

bowtie2 답게 default로는 end-to-end 방식을 사용하지만, local 방식을 위해서 --local 옵션을 이용할 수 있다. 아래의 커맨드는 간단한 local alignment의 예이다.

BT2_HOME/bowtie2 --local -x reference_bt2_index -U longreads.fq -S ref_vs_longreads.sam

bowtie2 install #

wget http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.4/bowtie2-2.2.4-source.zip unzip bowtie2-2.2.4-source.zip cd bowtie2-2.2.4/ make

bowtie2의 설치는 매우 간단하다. 리눅스 환경에서의 설치는 source code downloading, unzip, compiling 까지 단 세 단계로 이루어진다.

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