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Biopython GFFparsing #
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Structured data

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Programming

Biopython / GFF parsing #

Biopython에 GFF Parsing이란 ? #

Biopython은 GFF(GFF3, GFF2) 그리고 GTF format을 다룰 수 있는 GFF parser를 제공한다.

기본적인 GFF parsing 방법 #

일반적인 GFF Parser는 Biopython에 다른 parser들과 유사하다. GFF file을 다루기 위한 parse를 calling한 다음 SeqRecord object의 set로 돌려준다.

예제로

from BCBio import GFF
in_file = "your_file.gff"
in_handle = open(in_file)
for rec in GFF.parse(in_handle):
    print rec
in_handle.close()

관심있는 대상만 parsing하는 방법 #

from BCBio import GFF
in_file = "your_file.gff"
limit_info = dict(
    gff_id = ["chr1"],
    gff_source = ["Coding_transcript"])
in_handle = open(in_file)

다른 file format을 GFF3로 전환하는 방법 #

from BCBio import GFF
from Bio import SeqIO

in_file = "your_file.gb"
out_file = "your_file.gff"
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file, "w")

GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle)

in_handle.close()
out_handle.close()

Refernce #

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