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Biopython #
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Structured data

Category
Programming

개요 #

Python은 생물정보 데이터를 처리할 때 많이 사용되는 프로그래밍 언어중 하나이다. 대부분의 생물정보 데이터는 형식이 정해져 있으며 분석을 하다 보면 공통적으로 자주 사용되는 기능들이 많다. 예를 들어 NCBI에서 많은 수의 nucleotide 서열을 ID만 가지고 GenBank 형식 또는 FASTA 형식으로 다운 받는다든지, 다운로드 받은 서열들을 protein 서열로 translation한 후 multiple alignment를 수행하고자 할 경우 NCBI에서 서열을 다운로드 받는 기능과 GenBank 혹은 FASTA 포맷의 서열을 형식에 맞게 id, description, 서열 부분을 구분하여 따로따로 읽어들이는 기능, 읽어들인 서열을 translation 하는 기능 그리고 multiple alignment를 수행하는 기능 들으로 구분된다. 이렇게 Python으로 생물정보 데이터를 분석하고자 할 때 많이 사용되는 데이터 형식, 기능들의 코드를 모아둔 패키지가 Biopython 이다.

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