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BioGRID #
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BioGRID #

BioGRID(Biological General Repository for Interaction Datasets)는 유전자들의 상호연관성(Genetic and Protein–protein interaction) 정보를 담고 있는 대규모의 데이터베이스로, 캐나다의 몬트리올 대학과 Mount Sinai 병원 등에 소속된 연구원들이 중심이 되어 운영하고 있다. 모든 데이터는 연구논문으로부터 텍스트마이닝 방식으로 수집정리(curation)된 것이며 2015년 현재 최신인 3.4.126버전에서는 총 54,430건의 연구논문으로부터 788,169건의 상호연관 정보와 27,034건의 화학적 조합(chemical association) 정보, 그리고 38,559건의 PTM(Post-translational modification)정보를 보유하고 있다. BioGRID에서 제공하는 모든 연관정보 데이터는 웹상에서 통합된 파일형태로 누구나 다운로드 받을 수 있으며, 어떠한 용도로도 자유롭게 활용이 가능하다. (다운로드 페이지 열기)

BioGRID 데이터의 구성 #

BioGRID에서는 다양한 쓰임새를 고려하여 데이터를 여러 타입으로 제공하고 있다.

BIOGRID-ALL-3.4.126.mitab.zip
BIOGRID-ALL-3.4.126.psi.zip
BIOGRID-ALL-3.4.126.psi25.zip
BIOGRID-ALL-3.4.126.tab.zip
BIOGRID-ALL-3.4.126.tab2.zip
BIOGRID-CHEMICALS-3.4.126.chemtab.zip
BIOGRID-IDENTIFIERS-3.4.126.tab.zip
BIOGRID-ORGANISM-3.4.126.mitab.zip
BIOGRID-ORGANISM-3.4.126.psi.zip
BIOGRID-ORGANISM-3.4.126.psi25.zip
BIOGRID-ORGANISM-3.4.126.tab.zip
BIOGRID-ORGANISM-3.4.126.tab2.zip
BIOGRID-OSPREY_DATASETS-3.4.126.osprey.zip
BIOGRID-PTMS-3.4.126.ptm.zip
BIOGRID-SYSTEM-3.4.126.mitab.zip
BIOGRID-SYSTEM-3.4.126.psi.zip
BIOGRID-SYSTEM-3.4.126.psi25.zip
BIOGRID-SYSTEM-3.4.126.tab.zip
BIOGRID-SYSTEM-3.4.126.tab2.zip

처음에는 파일 종류가 많아서 혼란스러울수도 있지만, 데이터의 구성을 파악하면 개별적으로 용도에 맞는 데이터만 받아서 사용하면 되기때문에 효율적이다.

BIOGRID  -  ALL  -  3.4.126  .  mitab 
         데이터의 내용    버전    데이터 저장 형식

데이터의 내용 #

ALL : 모든 종에 대한 데이터 전체를 가지고 있는 파일
CHEMICAL : 화학적 연계(chemical association)에 관한 데이터 중심
IDENTIFIERS : BioGRID에서 사용되는 ID와 관련된 매핑 정보
ORGANISM : 생물 종별로 분할된 데이터
OSPREY_DATASETS : Osprey라는 네트워크 시각화 도구에 적용할 수 있는 형식의 데이터
PTMS : PTM(Post-translational modification) 데이터
SYSTEM : 전체 데이터를 실험 시스템(Experimental system)에 따라 분할한 데이터
  • Osprey : 네트워크 정보를 시각화하여 보여주는 프로그램으로 2004년 이후로는 업데이트 중단

데이터 저장 형식 #

mitab, tab : tab으로 구분된 텍스트 형식으로, 스프레드시트 등에서 사용하기에 적합
psi : XML로 구성된 단백질 상호연관 데이터 표기를 위한 표준 형식으로, HUPO에서 제정
osprey : Osprey프로그램에 바로 적용할 수 있는 형식의 데이터
  • mi : molecular interaction / psi : proteomics Standards Initiative (HUPO)

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