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BLAST Database #
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Structured data

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Database

BLAST의 Database #

BLAST의 주요 목적은 연구하고자 하는 염기서열이 기존의 데이터베이스에 존재하는 서열과 상동성이 있는지에 있다. 이때 사용할 수 있는 대표적인 데이터베이스는 아래와 같다.

DB 이름 특성
nt GenBank, EMBL, DDBJ, PDB sequence에서 중복되지 않은 서열을 모은 핵산 데이터베이스
nr GeneBank, RefSeq Nucleotides, EMBL, DDBJ, PDB sequence를 모은 데이터베이스
est EST 정보를 모은 데이터베이스
est_human EST 데이터베이스에서 human의 est 정보만 모은 데이터베이스
est_mouse EST 데이터베이스에서 mouse의 est 정보만 모은 데이터베이스
est_others EST 데이터베이스에서 human과 mouse를 제외한 est 정보를 모은 데이터베이스
gss Genome Survey Sequence로 single-pass genomic data, exon-trapped sequence, Alu PCR sequences를 포함하고 있는 데이터베이스
htgs 진행중인 대용량 염기서열의 데이터베이스
pdb 단백질의 정보를 모은 데이터베이스
0.0.1_20140628_0