BLAST
Database
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BLAST의 Database #
BLAST의 주요 목적은 연구하고자 하는 염기서열이 기존의 데이터베이스에 존재하는 서열과 상동성이 있는지에 있다. 이때 사용할 수 있는 대표적인 데이터베이스는 아래와 같다.
| DB 이름 | 특성 | |
| nt | GenBank, EMBL, DDBJ, PDB sequence에서 중복되지 않은 서열을 모은 핵산 데이터베이스 | |
| nr | GeneBank, RefSeq Nucleotides, EMBL, DDBJ, PDB sequence를 모은 데이터베이스 | |
| est | EST 정보를 모은 데이터베이스 | |
| est_human | EST 데이터베이스에서 human의 est 정보만 모은 데이터베이스 | |
| est_mouse | EST 데이터베이스에서 mouse의 est 정보만 모은 데이터베이스 | |
| est_others | EST 데이터베이스에서 human과 mouse를 제외한 est 정보를 모은 데이터베이스 | |
| gss | Genome Survey Sequence로 single-pass genomic data, exon-trapped sequence, Alu PCR sequences를 포함하고 있는 데이터베이스 | |
| htgs | 진행중인 대용량 염기서열의 데이터베이스 | |
| pdb | 단백질의 정보를 모은 데이터베이스 |
