AUGUSTUS [gene prediction] #

진핵 생물의 유전자 구조 즉, exon-intron, utr, CDS, mRNA, gene 영역을 예측하기 위한 프로그램이다.

Features #

• 2003년 Hidden-Markov Model에 기초하여 독일의 괴팅겐 대학에서 처음 개발된 이후 2016년 현재까지 계속 업데이트 되고있다.
• ESTs, mRNA, RNA-seq 서열(일반적인 NGS reads 모두 가능)을 기반으로 유전체 서열에 매핑된 정보를 바탕으로 유전자 예측이 가능하다.
• 보존도가 높은 특정 protein family의 예측이 가능하다. - 이를 위해 특정 family protein의 alignment 정보로 부터 이들의 잘 보존된 exon-intron 구조를 block화 하여 protein profile extension(PPX)을 생성하고 이를 이용해 유전자를 예측한다. PPX 생성은 제공되는 추가적인 스크립트를 통해 제작이 가능하다.
• 새로운 유전체에 대한 유전자 예측을 위해 해당 종에 맞춰진 training HMM 구축과 유전자 예측이 가능하다.
• Alternative splicing 및 alternative transcripts 예측이 가능하다.

<< alternative splicing 예제>>

• Linux 환경에서 local analysis와 web을 통한 분석이 모두 가능하다.

Web Augustus #

Training #

• 새로운 종의 training을 수행해준다.
• URL : http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/training/create

• input file

  1. genome sequence (필수항목)
  2. cDNA file / protein file / training gene structure file (.gff or .gb)(필수항목)
  

Prediction #

• 제공되는 training HMM을 통해 유전자를 예측한다.
• URL : http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create

• input file

  1. genome file (필수항목)
  2. species parameter 선택 및 upload (필수항목)
  3. cDNA file/ hints file
  

Supported species #

• URL : http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/

Program download #

• (http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/)