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ArrayExpress #
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Structured data

Category
Database

ArrayExpress #

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정의 #

  • 고효율의 기능적 유전체 실험(high-throughput functional genomics expeiments)에서 얻어진 데이터를 저장하는 기능적 유전체 데이터 저장소입니다.
  • 연구 집단에서 정보의 재사용을 위해 기능적 유전체 데이터를 제공하며, MIAME와 MINSEQE 가이드라인을 따릅니다.

MIAME : Minimum Information About a Microarray Experiment MINSEQE : Minimum Information About a Sequencing Experiment

목표 #

  • 최신 기술을 이용해 생성된 데이터를 연구 집단이 쉽게 이용할 수 있도록 하기 위해 기능적 유전체 데이터의 구조화 및 파일 형식을 표준화하여 접근 및 공유가 쉽도록 저장소 구축
  • 기능적 유전체 실험들을 검색, 등록하고, 데이터를 다운로드 및 저장하는 기능 제공

샘플 종류에 따른 데이터 등록 저장소 구별 #

  1. 비인간 샘플, 식별 불가능한 인간 샘플
  2. ArrayExpress를 통해 등록이 가능하며, 등록 후 최종적으로 ENA(European Nucleotide Archive)의 SRA에 저장됩니다.
  3. 식별 가능한 인간 샘플
  4. ArrayExpress를 통해 등록이 불가능하며, EGA(European Genome-phenome Archive)으로 등록 해야합니다.
  5. EGA에 등록된 데이터 중 메타데이터는 ArrayExpress로 연계 가능합니다.

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등록 데이터 구성 #

메타데이터 #

  • 실험에 대한 생물학적 배경지식이나 실험 목표, 생물학적 물질 또는 샘플, 샘플특징, 프로토콜 등이 있습니다.

원본 데이터 파일(Raw data files) #

  • 시퀀서나 마이크로어레이 스캐너로 생산되어 가공되지 않은 원본 데이터 파일
    • 마이크로어레이 실험(Microarray experiment)
    • 시퀀싱 실험(Sequencing experiment) : ENA(European Nucleotide Archive) 형식

가공된 데이터 파일(Processed data files) #

  • 원본 데이터 파일에서 생산된 파일
    • 마이크로어레이 실험(Microarray experiment) : 탭(tab) 구분 텍스트 파일 형식
    • 시퀀싱 실험(Sequencing experiment) : 탭(tab) 구분 텍스트 파일 형식(테이블/스프레드시트), BAM(alignment)파일 등

Reference #

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