Apollo #

Apollo란? #

Apollo는 genome annotation을 편집 및 추가하기 위한 GUI 기반의 tool입니다. GBrowse와 같이 Apollo는 사용자들에게 서열 내에 관심있는 지역들을 확대 및 zoom 하여 확인할 수 있게 해줍니다. 그리고 annotation을 편집하고 작성할 수 있게 합니다. Apollo는 GFF3 또는 Chado database를 이용할 수 있으며 BLAST, primer BLAST 분석을 통합적으로 제공합니다. Apollo는 자바 기반이며 ensemble과 관련해서 사용할 수 있고 GMOD와 관련해서 GBrowse와 연동해서 사용할 수도 있습니다.

Apollo의 사용 미리보기 #

사용자가 서열을 assembly 단계를 거칠 때 서열에 annotation하는 것이 필요합니다. 이 단계를 통해서 서열 내 유전자, pseudogene, ncRNA 등의 특징들을 추가할 수 있습니다. 쉽게 말하면 Apollo는 서열 annotation editor이고 사용자는 손 쉽게 annotation을 생성하고 편집할 수 있습니다.

Reference : http://gmod.org/wiki/Apollo#Using_Apollo #