Annealing (결합) #

PCR 과정의 Step 2. #

열처리로 한가닥으로 변성한 DNA와 primer를 공존시킨 후 온도를 낮추면 2종류의 primer는 각각 상보적인 한가닥 주형 DNA에 annealing 하게 된다. Annealing에 가장 적합한 온도와 시간은 primer의 염기배열과 그 길이에 따라 결정되지만 일반적으로 50°C∼65°C에서 30초~1분간 annealing 한다. 염기간에 G와 C는 세군데에서 수소결합이 일어나고, A와 T는 두군데에서 결합이 일어나므로 G+C 비율에 따라 결합온도에 변화를 주어야 한다. Anneling 온도를 높이면 primer-주형 DNA의 mismatch가 감소되어 반응 특이성이 높아진다. 그러나 혼합 primer 또는 mismatch를 갖는 primer를 사용할 경우는 37~45℃로 annealing 온도를 낮출 필요가 있다.