ALN파일 포멧은 Clustal을 통해 나오는 output 파일 포멧이다.

Clustal는 여러 개의 핵산이나 단백질 서열의 유사성을 비교하는 다중서열정렬(Multiple Sequence Alignment)을 해주는 툴 중 하나이며 ClustalW와 ClustalX가 있으며 W는 Command line버젼이며 X는 윈도우 용이다.

아래는 ClustalW를 실행하기 위한 FASTA 포멧이다.

>query    
MKNTLLKLGVCVSLLGITPFVSTISSVQAERTVEHKVIKNETGTISISQLNKNVW    
VHTELGYFSGEAVPS NGLVLNTSKGLVLVDSSWDDKLTKELIEMVEKKFKKRV    
TDVIITHAHADRIGGMKTLKERGIKAHSTALT AELAKKNGYEEPLGDLQSVTNLK    
FGNMKVETFYPGKGHTEDNIVVWLPQYQILAGGCLVKSASSKDLGNVADAYV    
NEWSTSIENVLKRYGNINLVVPGHGEVGDRGLLLHTLDLLK     
>gi|2984094    
MGGFLFFFLLVLFSFSSEYPKHVKETLRKITDRIYGVFGVYEQVSYENRGFISNAY    
FYVADDGVLVVDALSTYKLGKELIESIRSVTNKPIRFLVVTHYHTDHFYGAKAFR    
EVGAEVIAHEWAFDYISQPSSYNFFLARKKILKEHLEGTELTPPTITLTKNLNVYLQ    
VGKEYKRFEVLHLCRAHTNGDIVVWIPDEKVLFSGDIVFDGRLPFLGSGNSRTWL    
VCLDEILKMKPRILLPGHGEALIGEKKIKEAVSWTRKYIKDLRETIRKLYEEGCDVE    
CVRERINEELIKIDPSYAQVPVFFNVNPVNAYYVYFEIENEILMGE       
>gi|115023|sp|P10425|     
MKKNTLLKVGLCVSLLGTTQFVSTISSVQASQKVEQIVIKNETGTISISQLNKNVW    
VHTELGYFNGEAVPSNGLVLNTSKGLVLVDSSWDNKLTKELIEMVEKKFQKRVTD    
VIITHAHADRIGGITALKERGIKAHSTALTAELAKKSGYEEPLGDLQTVTNLKFGNTK    
VETFYPGKGHTEDNIVVWLPQYQILAGGCLVKSAEAKNLGNVADAYVNEWSTSIE    
NMLKRYRNINLVVPGHGKVGDKGLLLHTLDLLK        
>gi|115030|sp|P25910|    
MKTVFILISMLFPVAVMAQKSVKISDDISITQLSDKVYTYVSLAEIEGWGMVPSNGM    
IVINNHQAALLDTPINDAQTEMLVNWVTDSLHAKVTTFIPNHWHGDCIGGLGYLQR    
KGVQSYANQMTIDLAKEKGLPVPEHGFTDSLTVSLDGMPLQCYYLGGGHATDNIV    
VWLPTENILFGGCMLKDNQATSIGNISDADVTAWPKTLDKVKAKFPSARYVVPGH    
GDYGGTELIEHTKQIVNQYIESTSKP    
>gi|282554|pir||S25844    
MTVEVREVAEGVYAYEQAPGGWCVSNAGIVVGGDGALVVDTLSTIPRARRLAEWV    
DKLAAGPGRTVVNTH FHGDHAFGNQVFAPGTRIIAHEDMRSAMVTTGLALTGLWP     
RVDWGEIELRPPNVTFRDRLTLHVGERQVE LICVGPAHTDHDVVVWLPEERVLFAGD    
VVMSGVTPFALFGSVAGTLAALDRLAELEPEVVVGGHGPVAGP EVIDANRDYLRWV     
QRLAADAVDRRLTPLQAARRADLGAFAGLLDAERLVANLHRAHEELLGGHVRDAM     
EI FAELVAYNGGQLPTCLA

• 위 쿼리를 input으로 사용하고 clustalW를 실행하면 아래와 같은 aln포멧의 결과를 반환한다.

• 첫번째 라인에는 "CLUSTAL W" 혹은 "CLUSTALW"로 명시되어진다.
• 그다음은 시퀀스명 , 시퀀스 , 시퀀스 길이정보 한 라인에 표기된다.

• 아래는 식별자에 대한 설명이다.

  1. * = this column of the alignment contains identical amino acid residues in all sequences (or identical bases if DNA sequences are aligned)
  2. : = this column of the alignment contains different but highly conserved (very similar) amino acids
  3. . = this column of the alignment contains different amino acids that are somewhat similar
  4. blank = this column of the alignment contains dissimilar amino acids or gaps (or different bases if DNA sequences are aligned)
  5. -- no match.

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