정의 #

서열 변이의 임상 해석을 위해 American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)에서 만든 서열 변이 분류 기준

배경 #

지난 10여동안 시퀀싱 기술은 NGS의 출현으로 빠르게 발전해 왔고, 이 NGS를 채택하고 활용함으로써 임상 실험실은 이제 gene panel, exomes, genomes, transcriptomes, 유전 질환에 대한 epigenetic assays 등에 걸쳐 유전 테스트가 이루어지고 있다. 이렇게 유전 테스트의 변화와 복잡성은 서열 해석에 대한 새로운 도전과제를 동반하게 되었다.
이에 따라 2013년에 ACMG, AMP (Association for Molecular Pathology) 및 CAP (College of American Pathologists; 미국병리학회)으로부터 대표자를 모아 구성한 그룹이 서열 변이 해석에 대한 표준 가이드라인을 검토하고 개정했다. 그룹은 대부분 임상 실험실 디렉터 또는 임상의로 구성되었다.

분류 체계 #

1. Mendelian disorder를 유발하는 유전자에서 확인된 변이형을 기술하기 위해 크게 5가지 표준 분류 용어가 있다.

   • Pathogenic
   • Likely pathogenic
   • Benign
   • Likely benign
   • Uncertain significance : 앞의 4가지로 분류하기에 충분한 증거가 없는 변이는 VUS (Variant of Uncertain Significance)로 기본 설정

2. Pathogenicity / Benign 분류 기준

   • Pathogenic variant 분류 기준
     • Very strong : PVS1
     • Strong : PS1-4
     • Moderate : PM1-6
     • Supporting : PP1-5
   • Benign variant 분류 기준
     • Stand-alone : BA1
     • Strong : BS1-4
     • Supporting : BP1-6

Reference #

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4544753/