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ABySS #
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Structured data

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Software

ABySS #

ABySS는 short reads를 이용한 de novo assembly 프로그램이다. 지놈 사이즈가 큰 종의 Assembly를 위해 설계 되어, 단일 프로세서를 사용하는 버전은 100Mbp 까지의 지놈에 적합하고, MPI를 이용한 병렬 프로세서 버전은 mammalian 지놈 사이즈도 지원한다고 한다.

Trans-ABySS #

Trans-ABySS는 ABySS로 만들어진 Transcriptome contig를 분석하는 pipeline으로 non-redundant contig 를 만들고, aliternative splicing event나 exon-skipping, novel exon, novel intron을 찾는 분석을 수행할 수 있다. 또한 gene expression level 측정과 잠재적인 polyadenylation site 찾기, gene-fusion event 분석도 가능하다.

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