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ABySS #
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Structured data

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Software

ABySS #

ABySS는 short reads를 이용한 de novo assembly 프로그램이다. 지놈 사이즈가 큰 종의 Assembly를 위해 설계 되어, 단일 프로세서를 사용하는 버전은 100Mbp 까지의 지놈에 적합하고, MPI를 이용한 병렬 프로세서 버전은 mammalian 지놈 사이즈도 지원한다고 한다.

Assembling a paired-end library #

$ abyss-pe name=ecoli k=64 in='reads1.fa reads2.fa'

input file format은 fasta, fastq, qseq, export, sra, sam, bam ; gz, gz2, xz 가능하고 결과 파일은 ${name}-contigs.fa로 주어진다. 다만 paired-end reads의 경우 /1', '/2'의 suffix를 갖거나, 이름이 동일해야 assembler가 정확히 찾아서 분석에 사용한다는 단점이 있고 single read는 'se' 파라미터 다음에 추가해 줄 수 있다.

Assembling multiple libraries #

$ abyss-pe k=64 name=ecoli 
  lib='pe200 pe500' \
  pe200='pe200_1.fa pe200_2.fa' \
  pe500='pe500_1.fa pe500_2.fa' \
  se='se1.fa se2.fa'

Scaffolding : #

 $ abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
   pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
   mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa'

mate-pair library가 있는 경우에는 scaffolding도 수행할 수 있고 scaffold의 이름은 '${name}-scaffolds.fa'로 주어진다. mate-pair read는 contig construction에는 이용되지 않고 오직 scaffolding에만 이용된다.

Trans-ABySS #

Trans-ABySS는 ABySS로 만들어진 Transcriptome contig를 분석하는 pipeline으로 non-redundant contig 를 만들고, aliternative splicing event나 exon-skipping, novel exon, novel intron을 찾는 분석을 수행할 수 있다. 또한 gene expression level 측정과 잠재적인 polyadenylation site 찾기, gene-fusion event 분석도 가능하다.

Reference #

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