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항생제내성 데이터 및 관리 항목 #
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Structured data

Category
Biology

개요 #

현대의 필수 의약품으로 자리 잡고 있는 항생제에 대해 내성을 가진 내성균의 출현으로 항생제 내성(Antimicrobial resistance, AMR)은 국내뿐만 아니라 전 세계적으로 공중보건에 상당한 위협이 되고 있다. 특히 여러 항생제에 내성을 보이는 다제내성균의 확산으로 사망률 및 치료 기간, 의료비용 등의 증가로 공중보건 위협뿐만 아니라 사회경제적 손실을 초래할 수 있다.

그러나 2003년부터 2012년까지 국무조정실 총괄의 국가 항생제 내성 안전관리 사업 이후 특별한 컨트롤 타워 없이 부처별로 분절적 대응이 이어져 왔으며, 내성균의 경우 사람뿐만 아니라 농축수산, 식품, 환경 등의 다양한 생태계 경로를 통해 발생 및 전파가 가능하므로 포괄적으로 관리가 필요한 실정이다.

항생제 내성 관리에 대한 고민은 국내뿐 아니라 국외에서도 진행되어 왔으며, 2015년 5월, 68차 세계보건총회에서 항생제 내성이 인류 보건에 심각한 위협이라는 전 세계적 요구에 따라 국제적인 대응을 촉구하는 항생제 내성 국제 행동계획(Global Action Plan on Antimicrobial Resistance)을 채택하였다. 또한, 항생제 내성 국제 행동계획의 5대 전략적 목표 중 하나인 '국제적 감시 및 연구 확대를 통한 증거 기반 강화' 목표를 지원하기 위해 국제 항생제 내성 감시체계(Global Antimicrobial Surveillance System, GLASS)를 개발하여 표준화된 항생제 내성 자료를 수집·분석하여 여러 국가와 함께 공유하고 있다.

WHO Global Antimicrobial Surveillance System(GLASS) #

국가 간의 공유를 위해 GLASS에서는 항생제 내성 데이터에 대한 표준화된 형식을 제공하고 있다.

GLASS 수집 데이터 파일 유형(file format) #

GLASS에서는 수집하는 데이터의 파일 유형은 아래와 같이 두 가지로 구분된다. 두 파일 모두 Microsoft Excel을 통해 생성할 수 있으며, CSV의 경우 tab으로 구분된 파일이 아닌 comma로 구분된 파일만 업로드 받고 있다.

  • tab-separated(tab-delimited) TXT file
  • comma-separated CSV file

GLASS 제출 파일 종류 #

RIS file #

RIS 파일은 감수성 실험 결과 파일로 GLASS에서 제공하는 정형화된 형식에 맞춰 작성 및 제출하여야 한다. RIS 파일 데이터 항목은 resistant, intermediate, susceptible의 수나 추출한 검체정보, 성별, 감염경로 등을 수집하고 있으며, 전체 수집항목은 아래와 같다.

RIS 수집 항목 유형 예시
COUNTRY Coded value AFG
YEAR Coded value 2015
SPECIMEN Coded value BLOOD
PATHOGEN Coded value ACISPP
GENDER Coded value M
ORIGIN Coded value HO
AGEGROUP Coded value 01<04
ANTIBIOTIC Coded value AMK
RESISTANT Integer (≥0) 15
INTERMEDIATE Integer (≥0) 10
NONSUSCEPTIBLE Integer (≥0) 5
SUSCEPTIBLE Integer (≥0) 30
UNKNOWN_NO_AST Integer (≥0) 5
UNKNOWN_NO_BREAKPOINTS Integer (≥0) 0
BATCHID Coded value DS1

Image

그림 1. RIS 파일 예시 (출처 : WHO GLASS)

COUNTRY #

ISO3166-1에 기반한 3글자 국가 코드 (ex. 대한민국 : KOR)를 사용한다.

YEAR #

RIS에 표시되는 YEAR의 값은 데이터가 제출된 해당 연도를 표시하며, 일반적으로 검체를 수집한 날짜를 기준으로 한다.

SPECIMEN #

4 가지 검체(BLOOD, URINE, STOOL, GENITAL)에 대한 코드 값을 입력항목으로 가진다. GENITAL의 경우 Urethral and cervical swabs을 GENITAL 코드 값으로 일괄 처리한다.

PATHOGEN #

GLASS에서 우선적으로 선정한 8개의 pathogen에 대한 코드 값으로, 수집하는 8개의 균종은 아래와 같다. 균종에 따라 수집하는 검체와 시험하는 항생제가 달라 다양한 combinations이 존재한다.

Code Pathogen
ACISPP Acinetobacter spp.
ESCCOL Escherichia coli
KLEPNE Klebsiella pneumoniae
NEIGON Neisseria gonorrhoeae
SALSPP Salmonella spp.
SHISPP Shigella spp.
STAAUR Staphylococcus aureus
STRPNE Streptococcus pneumoniae

GENDER #

성별 구분은 아래 표에서 정리된 바와 같이 Male, Female, Other, UNK로 구분하여 code 값을 사용하여 작성한다. 수집된 데이터의 성별이 구분이 없는 경우 SUM code 값을 사용한다.

Code Gender
M Male
F Female
O Other
UNK Unknown
SUM SUM = M +F+O+UNK

ORIGIN #

Origin은 크게 Hospital origin과 Community origin으로 구분된다. 구분 기준은 검체가 채취된 시점에서 2일 이상 병원 등의 건강관리 시설에 입원한 환자의 경우 Hopital origin으로 구분하며, 입원 기간이 2일 미만인 환자의 경우 Communuity origin으로 구분한다. 수집된 데이터의 origin이 구분되지 않은 경우 SUM code 값을 사용한다.

Code Origin
HO Hospital origin
CO Community origin
UNK Unknown
SUM SUM=HO+CO+UNK

AGEGROUP #

Agegroup은 아래 표에서 정리된 바와 같이 GLASS에서 제공하는 기준으로 환자 수를 카운트한다. 나이 값은 검체를 수집한 날의 환자의 만 나이를 기준으로 한다.

Code Age groups
<1 <1
01<04 1-4
05<14 5-14
15<24 15-24
25<34 25-34
35<44 35-44
45<54 45-54
55<64 55-64
65<74 65-74
75<84 75-84
85< 85+
UNK Unknown
SUM SUM = all age groups +UNK

ANTIBIOTIC #

Antibiotic은 GLASS에서 수집하는 항생제 목록의 code 값을 입력받는다. Antimicrobial agent 23종과 Antibiotic class 16종으로 총 39종에 대한 항생제에 대해 항생제 내성 정보를 수집한다. 자세한 항생제 정보는 WHO Global Antimicrobial Resistance Surveillance System(GLASS)의 GLASS - Guide to preparing aggregated antimicrobial resistance data files에 정리되어 있다.

RESISTANT, INTERMEDIATE, NONSUSCEPTIBLE, SUSCEPTIBLE #

특정 항생제에 대한 AST(antimicrobial susceptibility testing) 시험 결과에 따라 각 resistant(R), intermediate(I), nonsusceptible(NS), susceptible(S)로 구분되며, (그림 1)의 RIS 파일 예시와 같이 국가, 연도, 검체, 균종, 성별, origin, 나이 그룹, 항생제에 따른 AST결과 값을 필터링하여 R, I, S, NS 값을 카운트한다.

UNKNOWN_NO_AST #

채집된 검체에 대해 특정 항생제 AST 시험을 수행하지 않은 경우의 수를 카운트한 값으로, 1,000개의 blood 검체를 수집하였으나 Cefoxitin 항생제에 대한 AST 시험을 100개만 한 경우, 나머지 900개가 UNKNOWN_NO_AST 값이 된다.

UNKNOWN_NO_BREAKPOINT #

AST 시험은 수행하였으나 해당 항생제에 대한 결과를 낼 수 없는 경우의 수를 카운트한다.

Sample file #

샘플 파일은 샘플 통계 정보로 검체를 채집한 환자들의 수 RIS 파일과 동일한 항목들을 가진다. 샘플 파일을 구성하는 데이터 항목은 아래와 같다.

Sample 수집 항목 유형 예시
COUNTRY Coded value AFG
YEAR Coded value 2015
SPECIMEN Coded value BLOOD
GENDER Coded value M
ORIGIN Coded value HO
AGEGROUP Coded value 01<04
NUMSAMPLEDPATIENTS Integer (≥0) 1000
BATCHID Coded value DS1

샘플파일의 항목들은 모두 필수 입력 항목이며, 순서를 반드시 지켜야 한다. 샘플파일 작성 시 값이 누락되거나 순서가 다를 경우, GLASS 데이터 수집 플랫폼에서 파일에 오류가 있다고 판단할 수 있다.

Image

그림 2. Sample 파일 예시 (출처 : WHO GLASS)

NUMSAMPLEDPATIENTS #

항생제 내성 시험을 위해 수집된 검체(BLODD, URINE, STOOL, GENITAL)를 제공한 환자의 수로 가변적인 변수이다. 수집된 샘플의 수는 negative(no growth) 샘플뿐만 아니라 positive 샘플 전부를 포함한다.

Specimen-Pathogen combination #

GLASS에서 데이터를 수집하는 specimen-pathogen combination은 아래와 같다.

Image

그림 3. Specimen-Pathogen combination (출처 : WHO GLASS)

Reference #

0.0.1_20140628_0