Introduction #

고양이(Felis catus)의 유전체 서열은 Abyssinian 품종의 암컷에 대해서 2007년에 최초 공개된 이래로 2017년 현재까지 꾸준히 업데이트되어 9.0 버전까지 공개되어 있다(Felis_catus_9.0).

다만 NCBI에는 fasta 버전의 유전체 서열만 공개되었고 유전자 정보에 관해서는 확인할 수 없다(링크). NCBI에 공개된 Felis_catus_9.0 유전체는 2021년에 업로드된 것으로 현재까지 꾸준히 업데이트되고 있음을 알 수 있다.

대신 NCBI에서는 Texas A&M University에서 올린 새로운 버전의 고양이 유전체 서열을 representative genome으로 제시하고 있다(링크).

Felis_catus_9.0 #

Data #

• 버전 : Ensembl release 105 (2021. 12 현재 기준)
• 다운로드 : 링크
• Assembly 및 annotation 정보 : 링크
• genome : 2,521,863,845 bp
• coding genes : 19,588
• proteins : 54,456

KEGG #

• KEGG에는 고양이의 21,602 KEGG gene 정보가 공개되어 있다 (링크)
• 유전체는 Felis_catus_9.0이나 어셈블리 버전이 GCF_000181335.3으로 최신 버전 (GCA_000181335.5)과 다르므로 단백질 ID 확인을 선행하여야 한다.
• GCF_000181335.3 버전의 유전체 및 annotation 정보는 다음 링크를 통해 다운로드할 수 있다 (링크).
• Neuroactive ligand-receptor interaction (fca04080), Cholinergic synapse (fca04725), Chemical carcinogenesis - receptor activation (fca05207) pathway에 속하는 CHRNA3 유전자의 경우 Entry 명은 NCBI GCF_000181335.3의 gene id로 확인되어 단백질의 RefSeq ID (XP_023110538 )와 다르므로 주의가 필요하다.

NCBI representative genome #

Texas A&M University에서 2021년 공개한 유전체 서열로, 고양이와 조프루아 고양이(Leopardus geoffroyi)와의 이종교배로 얻어진 F1의 Maternal Haploid를 시퀀싱하여 분석한 것으로 보고되었다(PRJNA684600 ).

Data #

• 버전 : GCA_018350175.1 F.catus_Fca126_mat1.0
• Assembly 및 annotation 정보 및 다운로드 : 링크
• genome : 2,521,710,482 bp
• coding genes : 39,307
• proteins : 71,463

Reference #

• Pontius, Joan U., et al. "Initial sequence and comparative analysis of the cat genome." Genome research 17.11 (2007): 1675-1689.
• Buckley, Reuben M., et al. "A new domestic cat genome assembly based on long sequence reads empowers feline genomic medicine and identifies a novel gene for dwarfism." PLoS genetics 16.10 (2020): e1008926.)

Suggested Pages #

• 0.025 Maxam–Gilbert sequencing
• 0.025 DNA
• 0.025 GenBank
• 0.025 시퀀싱장비
• 0.025 sequence
• 0.025 Sanger Sequencing
• 0.025 Sequence
• 0.025 Next-generation_sequencing
• 0.013 Illumina
• 0.013 HiSeq
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